截至2004年，新疆有普通高等学校28所，其中本科院校11所，高等专科和高等职业技术学院17所；还有成人高校12所。全区高校培养的数以万计的毕业生已经成为开发建设新疆的一支重要力量。
　　（一）高等教育规模稳步扩大，与全国同步实现了由精英化教育向大众化教育阶段的历史性跨越。全区高校普通本、专科在校学生由1998年的4.6万人（含兵团1万人）增长到2004年的16.31万人（含兵团2.7万人），净增254.6%，在校研究生由747人（含兵团57人）增长到5120人（含兵团694人），净增585.4%。高等教育的毛入学率由1998年的8%提高到2004年的18.1%。全区高等教育发展的规模速度接近全国的平均水平。
　　（二）高等教育投入总量不断增加，办学条件有了极大的改善。据统计，1998年至2004年区属12所本、专科院校共完成基本建设投资20.33亿元，其中中央投资2.14亿元，占10.5%；地方财政投入1.44亿元，占7.1%；学校贷款、自筹16.75亿元，占82.4%。普通高校占地面积由13590亩增加到26692亩；校舍建筑面积由223万平方米（其中：生均教学行政用房16.44平方米）增加到559万平方米（其中：生均教学行政用房14.72平方米），年均增加56万平方米。
　　（三）加快学科调整建设力度，增强高校服务经济建设的能力。目前全区高校共开设本科专业137种，覆盖全国本科专业数的55%，开设专科专业240种。2003年确立了25个自治区级重点建设学科。新疆大学的两个学科被列为国家重点学科、四个实验室成为省部共建重点实验室。全区高校现有4个博士学位授权单位，15个博士点；9个硕士学位授权单位，210个硕士点。
　　（四）坚持教学科研相结合，稳步推进产、学、研一体化。1999年至2003年，区属高校成果中已被鉴定的达179项，获得国家和自治区奖励的优秀科技成果达146项；申请专利93件，其中已获得批准的达55件。科研成果转化为现实生产力的能力也大为提升，部分成果已取得了明显的经济效益和社会效益。
　　（五）深化分配制度改革，提高教师队伍的整体素质。全区普通高校研究生及以上学历的教师由1998年的851人增长到2003年的1552人，净增82%；教师中教授、副教授以上职称由2142人增长到3672人，净增71%。先后有400余名教师通过国家和地方两级公派到国外留学进修，其中85%以上已经回国，成为高校教学骨干。高校引入竞争机制推进用人、分配制度改革，多数高校制定了向一线教师倾斜的津贴制度，拉开了收入分配档次，学科带头人和骨干教师的收入有了一定程度的提高。
　　（六）坚持教育的公益性原则，关心资助贫困学生。从1995年起，自治区财政每年拨出1000万元作为助学金补助专款，其中80%用于资助农、林、师范和艰苦专业的学生，享受补助人数年均3万余人。从1996年开始，自治区财政每年拨出1500万元的专项资金，用于资助高校特困生完成学业，1998年以来累计拨付资金9000多万元，资助贫困学生9万多人次。2000年以来，累计发放国家助学贷款1850万元，受助学生3800人。从2002年开始，每年有400名品学兼优的学生享受国家奖学金。高校也积极开辟绿色通道，平均每年从学费收入中筹集资金2000余万元，用于资助困难学生。
　　（七）积极引导就业，强化就业导向。近年来，自治区各高校积极做好学生的就业辅导工作，并主动与用人单位联系，为学生就业创造良好的条件。2001－2003年，从就业率看，毕业研究生累计1153人，就业率分别达到100%、94%和93.4%；普通本、专科生累计毕业57133人，其中本科毕业生就业率分别为95%、85%和77%，专科毕业生就业率分别为80%、59%和70%。
　　（八）加强学校管理，确保高校稳定。面对高校规模扩大，学生人数日益增加的态势，各高校一手抓教学管理，一手抓高校稳定，加强爱国主义教育和反分裂教育，坚持教育与宗教相分离的原则，净化讲坛、清理教材、整顿教师队伍，维护了正常的教学秩序，为自治区大局的稳定做出了贡献。

　　（一）规模扩张与投入不足之间的矛盾。经过1998年以来连续三年的扩招和近些年的稳步发展，全区高等教育的总体规模及校均规模日益扩大，本科院校校均规模超过万人，师生比由1998年的1∶7上升到2004年的1∶20，从而使高校现有办学条件和潜力得到了充分发挥。但是规模的扩张更加突显了原本十分紧张的投入，形成目前工资靠财政、运转靠学费、发展靠贷款的局面。1998-2003年全区财政预算内高校经费尽管有所增加，但人头费支出就占了78%，公用经费严重短缺。2001-2002年，全国普通高校生均教育事业费平均支出分别为6816元、6177元，而新疆地方高校为2162元、2681元，在全国31个省区排名倒数第二位。全国普通高校生均预算内公用经费平均为2613元、2453元，而新疆为346元、539元。2003年又降至286元，在全国排倒数第一、第二位。一些学校的基本办学条件未能达标，其中最主要的是生均仪器设备值和生均图书资料两项。此外，生师比、生均教学行政用房面积以及计算机配置也有很多院校不达标。另外，学生欠费人数逐年有所增加，因而影响到高校经费的正常运转。
　　（二）数量发展与质量提高之间的矛盾。2004年全区普通高校具有博士和硕士学位的教师仅占20.56%，与国家规定的最低标准30%相差近10个百分点。全区高校生均仪器设备值仅为3429元，而全国为6080元。因实验教学设备严重不足和落后，许多高校存在着理论课教学比重大、实验课教学比重小的情况，影响了学生实验、动手能力的培养。高校的实验室设备不仅落后于科技发展的水平，也落后市场和企业的水平。产学研脱节，科研贡献率不高。高校科研大多围绕教学进行，转化为现实生产力的成果不多，还未能形成科研优势，未能成为自治区重要的科研基地。据统计，全国高校对科技的贡献率平均为60%以上，而自治区高校的贡献率不足30%。另外，因基础教育质量和水平的差距，加之使用不同语言授课，导致民汉语言学生用两个标准进入高校学习，高校也只能以两个标准考核，以两个标准毕业，而面对就业市场，毕业生却要面临同一用人标准的竞争和筛选。近三年，大专以上少数民族毕业生偏低就是一个信号。当然，提高就业率最终取决于经济发展能提供更多的就业岗位。
　　（三）学科专业调整与产业对接之间的矛盾。由于受高等教育自身发展规律的制约，一些急需的新增学科专业难以在短时间内做大做强；高水平学科带头人严重缺乏，大部分学科难以形成结构合理的学术团队；学科研究方向分散，有待进一步规划和凝炼；学科建设又受到经费投入不足的制约，难以尽快提升水平，形成规模。除新疆大学文科基地外，自治区其它高校尚未有国家级学科基地，省部级共建实验室刚刚起步，共享机制不健全，建设任务艰巨。特别是面对不断变化的市场需求，高校的学科建设和专业设置由于受自身规律的作用，难以完全适应这种变化，不同程度地出现滞后，而有的学校又盲目追随市场设专业，急于求成导致学科雷同、培养质量不高。从总体上来看，全区高校学科专业面较广但整体实力水平不高，与新疆产业结构发展以及加快新型工业化步伐的关联度不强，尚未形成与当地经济社会发展密切相关的优势学科专业。
　　（四）稳定现有人才与引进急需人才之间的矛盾。大学应该是大师云集、名家荟萃之所。然而全区高校高职称、高学历人员，尤其是中青年骨干教师流失严重，影响了学校的发展。据对区内10所高校的调查，1998－2003年共流失教师1017人，按学历划分：硕士研究生流失223人，占流失人数21.9%；博士研究生流失60人，占现有博士人数的35.5%；按职称划分，副教授以上职称的流失253人，占25%。同时全区学位与研究生教育发展相对滞后，总体培养规模小，远不能适应高层次人才培养的需要。为了稳定和留住人才，全区多数学校参照内地高校的做法，采取了分配向一线教师倾斜的津贴制度，但同内地高校与区内保险、电信、电力等收入较高行业相比，高校教师的收入仍然偏低，况且不同高校之间教师的收入也存在较大差别。

 　　三、新疆高等教育发展的战略构想

　　为解决当前全区高等教育面临的突出问题，推进高校的健康发展，自治区决定从2005年起增加对高校的投入，在高校现有财政拨款基数的基础上新增1个亿，在2006－2009年，每年新增5000万元，五年间共计投入3个亿，以改善高校办学条件。到2009年左右全区高校生均财政拨款能够达到并超过西部省区的平均水平，并逐步解决高校贷款问题。同时高校实行按生均拨款的机制运行，以利高校的自我发展。
　　（一）坚持高等教育的发展与全区经济社会发展相适应，把握发展节奏，稳步推进，防止大起大落。全区正在实施以市场为导向的优势资源转换战略，加快产业结构调整，调优一产，调强二产，调大三产，力争全区国内生产总值年均增长速度达到8%以上，到2010年实现国内生产总值比2000年再翻一番。
　　坚持“巩固、深化、提高、发展”的方针，正确处理好数量规模扩大与提高质量效益关系；内涵发展与外延扩张关系；局部眼前与长远整体的关系；结构、学科调整与增加投入、改善条件等的关系，促进高等教育事业的全面协调、可持续发展。
　　首先，从发展速度上来讲，考虑财政承受能力和高校现有办学条件以及经济社会发展对人才的吸纳能力，把好招生的关口，适度放缓发展的速度，年度招生的增速将逐步下调到8%-10%左右，与全区国民经济保持大体相当、适度超前的增长速度，与全区国民经济保持同步协调发展。
　　其次，从规模上来看，全区普通高等教育的规模仍然低于全国的平均水平。从绝对规模来看，新疆人口占全国人口的1.52%，新疆普通高校在校生总数占全国普通高校在校生总数的1.23%；新疆普通高校在校生总数占全区人口的0.8%，而全国普通高校在校生总数占全国人口的1.37%；新疆高等教育的毛入学率为18.1%，而全国高等教育的毛入学率为19%。从相对规模来看，全国每万人口中普通高校在校大学生数为104人，而新疆为83人；全国每亿元国民生产总值承载的在校大学生数为116人，而新疆为76人。因此，新疆普通高等教育的规模扩张与自身发展的历史相比，实现了跨越式的发展，但是与全国平均水平相比，全区普通高等教育的发展规模仍然偏小，还有进一步发展的空间。当然新疆普通高等教育规模的扩大必须要考虑新疆经济社会发展的承载能力，并与高校办学条件的改善和毕业生的就业情况紧密相连。

　　注：全国人口13亿，全区人口：1963.11万人；全国在校生13625281人，全区在校生168247人；全国国内生产总值117251.9亿元，全区国内生产总值2200.15亿元。

　　（二）坚持深化办学体制改革，打破政府单一办学的体制，积极吸引区内外的力量投资兴办高等教育，形成以政府办学为主导，社会各界共同办学为辅助的良好局面。目前从数量上来说，全区公办高校占据绝对的优势，民办高校仅占4所，在校生仅有3167人，仅占2.2%。到2020年，全区高等教育的毛入学率将达到30-40%，高校在校生规模仍会有较大的增加，仅靠公办学校资源已远不能满足。所以，在“十一五”期间应按照“两稳定、两加快”的要求，即稳定公办高等教育规模，加快发展民办高等教育；稳定普通高等教育规模，加快发展高等职业教育。
　　要加强政策扶持引导，积极鼓励和大力吸引社会力量投资办学的过程中，努力营造公办与民办高校公平竞争、相互促进、协调发展的环境，尽快扭转全区高等教育公办大而强、民办小而弱的现状。
　　一是通过积极扶持自治区的普通高校发展独立设置的二级学院。依托全区现有公办高等学校，引进民间资金，创建独立设置的二级学院，应是今后民办高等教育发展的重要途径。要在积极规范的基础上，在目前只有五所独立学院的基础上加快发展步伐，到2010年区属九所本科院校全部举办独立设置的二级学院，进一步扩大独立学院的办学规模，改善办学条件，规范办学行为，使之做大做强。
　　二是积极引进名牌重点高校在区内举办二级学院，把积极引进内地优质教育资源和大力吸纳区内外的社会资金结合起来，在互利互惠的基础上，加快独立二级学院的发展步伐，使之成为新疆高等教育发展的一个新的增长点。
　　三是鼓励和支持部分公办普通和成人本专科院校改制成为国有民办院校或按民营机制运行以及制定土地划拨、税收减免等优惠政策吸引社会资金进入高等教育领域，发展纯粹意义上的民办教育。
　　（三）坚持以经济社会发展的需求为导向，合理定位、分类指导、突出重点，形成比较优势，科学地设置学科专业，开展科学研究，增强高等教育服务全区经济建设的能力。全区高等教育的发展要确立以经济社会发展的需求为导向，以培养适销对路的人才为目的发展战略，而不是从自身现有的条件出发，仅仅以条件定发展，为发展而发展。
　　首先，要继续紧紧围绕自治区经济社会发展的需求，不断加大高校学科专业调整力度，改进人才培养模式，提高教学质量和管理水平。要按照有所为、有所不为的要求，优化学科专业设置，突出重点，发挥优势，办出特色，形成品牌。特别要紧密结合全区调整产业结构，加快新型工业化步伐的新形势，重点建设一批工程技术类学科专业，突出应用型、技能型人才培养。要把握现代科技发展的趋势，加快改造提升传统学科专业，培植新的学科专业生长点，优先发展信息科学、生命科学、资源环境科学、现代农业科学、能源科学等高新技术和急需的专业，力争使高校学科专业的建设能跟上或站在现代科技发展的前沿。

　　注：新疆*为2003年数据。

　　其次，要科学定位、突出重点、分类建设，形成以新疆大学（科研教学综合型）为龙头，以医科大、师大、农大、财院（教学科研专业型）为重点，以其他本科院校（教学型）和高职高专院校（教学型和职业技能型）为基础，普通与成人、本科与高职高专教育相沟通，定位科学、布局合理的高等教育体系。
　　最后，要明确层次，坚持分层次办学，防止不分层次、无序办学的倾向。本科院校要以本科教育为主，集中力量办好本科，逐步减少直至停止专科层次的招生；高职高专院校要以专科教育为主，集中力量办好专科，逐步减少中职（中专）层次的教育。

　　（四）坚持以内涵发展与外延适度扩张相结合，区别对待、有保有压，统筹整合资源，促进高等教育的协调发展。

　　首先，从外延的扩张来看，在目前现有公办院校中，本科院校的校均规模与全国平均水平相差不大，而高职高专的校均规模与全国平均水平相差1200多人。同时由于历史的原因，全区高等职业教育起步晚，规模小，导致高等教育内部结构失调。普通本科教育与高职（专科）教育在校生之比为1.7∶1，高等职业教育的比例过低。因此，在全区高等教育未来的发展选择上，应该适当稳定普通本科院校的办学规模，稳步扩大高职高专院校的办学规模。
　　其次，从国际高等教育目前发展的趋势上来看，本科及其以上的高等教育是以精英教育为主，而高职高专院校是高等教育大众化、普及化的主要承担者。目前从全区高等教育的构成来看，普通本科院校的规模与高职高专院校的规模相比，高职高专院校的规模偏小，高等教育的结构呈现出两头小（研究生的规模和高职高专院校的规模小）、中间大（普通本科院校的规模大）的形态。这种结构无论是从高等教育自身来看，还是从高等教育适应全区经济结构调整，服务全区经济社会发展的需要来看，都应加以调整，逐步形成金字塔型的高等教育结构。
　　高等教育外延的适度扩张除了发展民办高等教育的途径外，还要立足现有高等教育资源的整合，逐步将全区成人高校中达到或符合普通高校基本办学条件的成人院校整合为普通高等教育资源，加以充分利用。
　　最后，从高等教育的内涵发展来看，就是要以就业为导向，以素质和能力建设为核心，以提高培养质量为根本，紧紧围绕学科专业建设，培养结构合理、数量充足、素质优良的各类专门人才。研究生要强调科研创新能力的培养，本科教育要按“宽口径、厚基础，重能力”的原则来进行，高职高专教育要根据职业岗位，突出实用性专业设置，强化技能实践培养，缩短培养周期。要加快重点学科建设，努力创建优势学科、特色专业，形成品牌效应。要深化教学改革，加强教学管理，建立质量监督评价体系，从严治教。要加快实训基地建设，以全区紧缺人才培养为重点，整合各种资源，用三至五年的时间建设共享的高校实训基地，为应用技能型人才培养提供条件。要加快推行学分制，允许学生跨专业、学校选修，逐步推动区内同类高校间学分互认；实行弹性学习制，允许学生分阶段完成学业；要深化教学改革，建立学历教育与职业教育相沟通融合的模式，推行职业资格证书和学历证书“双证”制度；要加快信息技术与学科课程的整合力度，加大教育信息化建设力度，以信息化带动教育的现代化，实现教育的跨越式发展；推进精品课程建设和优秀教学成果奖评选；特别要高度重视和努力提高少数民族教育质量，大力推进双语教学，尽快实现民汉教育并轨。同时要加强校内外的质量监控体系建设，迎接全国高校教学水平综合评估以及社会的监督评价，以评促建。
　　（五）坚持以人为本的科学发展观，实施“人才强校”战略，把硬件与软件建设结合起来。高校要加大人事制度改革力度。一是根据学校的发展规模和教学实际情况，科学定编、定岗、定职、定责，全面实行教职工全员聘任制；二是进一步改革分配与奖励制度，探索以岗定薪、优劳优酬的分配制度，建立重实绩、重贡献、向高层次人才和重点岗位倾斜的分配激励机制，使分配与岗位职责、工作业绩、实际贡献以及知识、技术、成果转化中产生的社会效益和经济效益等直接挂钩，分配要向优秀和关键岗位倾斜；三是积极探索教职工分类管理机制，包括教师内部教学型与科研型教师的分类管理；四是改革职称评定办法，建立和完善科学的评价指标体系，实行高校教师和其他专业技术人员职务聘任制，进一步理顺专业技术职务评审与聘任的关系，淡化“身份”评审，强化岗位聘任；五是科学调整设置院系和管理机构，理顺院系关系，精简机构，提高效率；六是推进后勤社会化改革，健全后勤产业化和社会服务体系，逐步走向市场。
　　（六）坚持自力更生与争取外援相结合、两条腿走路的方针。首先，今后一个时期新疆高等教育的发展及人才培养应立足于自力更生，增强自身造血功能，眼睛向内，面向本地，突出特色，形成风格，不断提升办学质量和水平。在师资培养、学科设置、教学内容确立、人才培养规格以及科研选题等方面要进一步强化地域特色，强化为当地经济建设培养人才的意识。同时要积极争取国家和内地高校的支持，特别是在急需紧缺学科专业的建设、高水平师资的培养提高以及大型科研项目的攻关等方面，争取更大支持，尽快提高新疆高等教育的整体办学水平。
　　其次，坚持有所为有所不为，不求所有所在但求为我所用的原则，更加突出以社会需求为导向的办学理念，更加珍惜利用有限的资金，更好地培养出全区经济社会发展急需的紧缺人才。要不断改善人才的工作环境和生活待遇，稳定盘活现有人才的存量，发挥和调动现有人才工作的积极性，同时积极引进急需紧缺人才，扩大人才的增量，采用高薪聘请、短期讲学、合作科研、资源共享等方式，积极吸引国内外一流人才来疆从事教学和科研工作。
　　最后，针对新疆优秀学生普遍流向内地高校的现状，一方面要积极争取国家和内地高校的支持，加大在新疆的招生力度，确保新疆高考升学率不低于甚至要高于全国的平均水平；另一方面要加快新疆高校生源置换，鼓励新疆高校到内地招生，以改善高校生源结构，吸引内地学子到新疆求学就业，增进新疆与内地的教育文化交流。